Forskjellen mellom den første og de andre tsjetsjenske krigen er at «motterroraksjon», som den andre tsjetsjenske krigen blir kalt, begynte å likne på aksjonene til de tsjetsjenske separatistene: de er like brutale og forbryterne unngår straff.

Under den første tsjetsjenske krigen ble de som ble arresterte i «utrensingsaksjonene» send til filtrasjonsleier og pårørende visste nesten alltid hvor de kunne finne dem. Nå kommer maskerte soldater til husene og kjører de arresterte til ukjent sted.

Ifølge den kjente russiske journalisten Anna Politkovskaja, har hvert regiment i Tsjetsjenia sin «zindan» (hull i jorden), der de holder arrestanter fanget. Disse blir solgt tilbake til slektningene. Enten levende eller døde.

Fra 2002 begynte de russiske myndighetene å stenge flyktningleirene i Ingusjetia og tsjetsjenere ble tvunget til å reise hjem. Tusenvis av tsjetsjenere tvinges dermed til å dra tilbake til et rent helvete.

Ifølge ikke-statlige kilder («Soldatmødrenes komité» og «Den tsjetsjenske antikrigskongressen»), døde 80.000 sivile tsjetsjenere og 12.000 russiske soldater i løpet av de tre første årene av den andre tsjetsjenske krigen.

Ifølge tyske etterretningskilder finnes det 2000 geriljasoldater i Tsjetsjenia.

Offisielt er det 31.000 russiske soldater som fortsatt befinner seg i Tsjetsjenia, uoffisielt er det 70.000 — 80.000.