Badie, som er Brorskapets åndelige leder, ble pågrepet i en leilighet i Nasr City i det nordøstlige Kairo natt til tirsdag, ifølge det statlige nyhetsbyrået.

Ifølge byrået ble Badies skjulested funnet etter at de militære fikk et tips om hvor han oppholdt seg.

Facebook-siden til innenriksdepartementet viser et bilde av Badie der han sitter mellom to menn i baksetet på en bil etter pågripelsen.

Etter at de militære avsatte president Mohamed Mursi i juli, ble det utstedt arrestordre på en rekke toppfigurer i Brorskapet, blant dem Badie. Han ble pågrepet, avhørt og deretter løslatt igjen før han gikk i dekning.

De militære har berammet rettssak 25. august for seks toppledere i Brorskapet, som er siktet for å ha oppmuntret til drap på demonstranter.

Innenriksdepartementet sier de har pågrepet over 1.000 «elementer» fra Brorskapet under uroen de siste dagene.