Botha var president på slutten av 1980-tallet. Han var kjent for sitt urokkelige forsvar av det rasistiske apartheidsystemet og for å ha nektet å la seg påvirke av den økende internasjonale kritikken mot det sørafrikanske regimet.

I 1989 overlot han makten til F. W. De Klerk, som etter hvert justerte den politiske kursen og banet vei for avviklingen av apartheidsystemet.

Botha døde i sitt eget hjem utenfor den sørafrikanske byen Wildernes, 90 år gammel.