Mye tyder på at det var hennes utpregede evne til å krangle med folk som sørget for at hun ble henrettet. Riktignok ble hun i mange år beskyldt for å bedrive trolldom, men da mannen hennes levde, presten Absalon Pedersson Beyer, ble hun frikjent for trolldomsanklagene, og fikk også fribrev fra kongen i København.
Men ryktene fortsatte, og Anne Pedersdotter besvarte ryktene med å spre forbannelser og ved å kjefte. Det hevdes at hun kom lett i krangel med folk rundt seg. Ingen smart strategi når man blir beskyldt for å bedrive trolldomskunst.
Saken mot Anne Pedersdotter foregikk i Bergen i mars og april 1590, og påstanden var at hun hadde tatt livet av fem mennesker ved å kaste sykdom på dem. Den mest alvorlige anklagen kom fra hennes egen tjenestejente gjennom 20 år, Elina, om at hun var blitt brukt som ridehest av Anne når de dro gjennom luften til heksestevne på Lyderhorn og Fløyen. Tre julenetter på rad skulle Anne Pedersdotter ha møtt andre trollkvinner på Lyderhorn, og på fjelltoppen planla heksene alvorlige trolldomsaksjoner mot Bergen. De ville ramme byen med naturkatastrofer, brann og annen vondskap.
Anne leverte et glitrende forsvar for sitt eget liv, men det hjalp ikke. Hun ble dømt til døden på bålet, og ble henrettet den 7. april 1590. På vei til retterstedet på Nordnes ropte Anne gjentatte ganger at hun var uskyldig.
Familien fikk tatt opp saken igjen. Herredagen, som var datidens høyesterett, konkluderte imidlertid i 1598 med at dommen skulle stå ved lag. Først da minnesteinen over henne og alle andre uskyldige kvinner som ble brent på bålet ble reist på Nordnes i Bergen 26. juni 2002 fikk hun sin oppreisning.
